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版本:1.20
更新日期:2023/10/13
简单易学易用、开源、可重复且社区支持的扩增子数据分析流程
第一次使用参考安装
段落下载并安装流程及依赖关系。使用RStudio打开EasyAmplicon/pipeline.sh
即可逐行完成扩增子分析。
文件描述:
主要功能:
图1. 易扩增子分析双端扩增子数据的流程
图2. 结果的部分可视化示例
系统要求 System requirement: Windows 10+ / Mac OS 10.12+ / Ubuntu 20.04+
安装视频教程:https://www.bilibili.com/video/BV1Cb411f7La/
请安装与你操作系统一致的软件
以最常用的Windows系统(87.5%)为例,你可以快速下载上面的软件安装包:Git for Windows、R、RStudio、STAMP,合集见百度网盘db/win目录。
在R语言的统计和可视化中会使用超过500个R包,安装不仅费时费力,而且经常出错或依赖其他编绎工具。为方便大家使用,我们提供了编绎好的R包合集下载,如 Windows版、Mac版。你可以下载解压后,将 4.3
目录移动至 C:\Users\[$UserName]\AppData\Local\R\win-library\
中即完成安装。
下载以上项目至C或D盘,并解压。以下提供三种下载方式可选(让你永远留有后手)
Code
-- Download
,选择下载位置,开始下载git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon
和git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome
。 注:提示fatal: unable to access
可能只是网络问题,重试或改天重试一般可解决,或找代理或朋友帮忙下载。使用视频教程:https://www.bilibili.com/video/BV1is4y157Ms/
测序数据(*.fq.gz)为seq/目录中的成对fastq/fq文件,通常采用.gz的压缩格式保存节省空间。元数据(metadata.txt)为按样本编号对应的分组、时间、地点等描述信息。EasyAmplicon项目中有准备好的demo数据用于测试分析流程是否可以正常工作(正对照),同时提供标准格式的参考模板,指导用户准备标准的输入数据。
新项目在准备好测序数据和元数据后,复制EasyAmplicon中的pipeline.sh至新项目文件夹。然后用RStudio打开pipeline.sh即可开始分析之旅。
参考Pipeline.sh中的代码,按说明设置工作目录(work directory)、脚本和数据库(EasyMicrobiome)位置等,在RStudio中逐行或逐段选择代码并运行(Run)即可完成整套分析流程。
主要数据分析步骤如下: - 合并双端序列并按样品重命名 - 引物切除和质量控制
每步骤参数和结果的详细解读,详见 《易扩增子:易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程》https://bio-protocol.org/bio101/e2003641
pipeline.sh 中的常见问题 注:.sh脚本全部为markdown格式,使用有道Note或VSCode,阅读体验更佳。
2023/3/11 1.18.1 解决备用下载链接失效问题?视频转移到B站链接,下载文件提供百度云链接。
2023/6/4 1.19 R和Rtools更新为4.3,RStudio更新为2023.03.1
使用此脚本,请引用下文:
Yong-Xin Liu, Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun Gao, Tao Wen, Tong Chen. 2023. EasyAmplicon: An easy-to-use, open-source, reproducible, and community-based pipeline for amplicon data analysis in microbiome research. iMeta 2: e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83
版本所有 2016-2023 刘永鑫(Yong-Xin Liu) liuyongxin@caas.cn, 文涛(Tao Wen) taowen@njau.edu.cn, 陈同(Tong Chen) chent@nrc.ac.cn
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