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openEuler / hpcrunner

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MulanPSL-2.0

HPCRunner : 贾维斯智能助手

愿景:自动容器化助力极简部署,一站式调优HPC应用

贾维斯

项目背景

​ HPC被喻为是IT行业“金字塔上的明珠”,其部署、编译、运行、性能采集分析的门槛非常高,不同的机器上部署HPC应用耗费大量精力,而且很多情况下需要同时部署ARM/X86两套环境进行验证,增加了很多的重复性工作,无法聚焦核心算法优化。

贾维斯功能概览

项目特色

  • 支持ARM/X86,一键部署,采用业界权威依赖目录结构管理海量依赖,自动生成module file
  • 根据HPC配置实现一键编译运行、一键CPU/GPU性能采集、一键Benchmark.
  • 所有配置仅用一个文件记录,HPC应用部署到不同的机器仅需修改配置文件.
  • 日志管理系统自动记录HPC应用部署过程中的所有信息.
  • 软件本身无需编译开箱即用,仅依赖Python环境.
  • HPC应用容器化-目前QE已经实现,参考container目录.
  • (未来) 集成HPC领域常用性能调优手段、核心算法.
  • (未来) 集群性能分析工具.
  • (未来) 智能调优.

目录结构

目录/文件 说明 备注
benchmark 矩阵运算、OpenMP、MPI、P2P性能测试
doc 文档
downloads 存放依赖库源码包/压缩包
examples 性能小实验
package 存放安装脚本和FAQ
software 依赖库二进制仓库(内置精度分析工具) 自动生成
src 贾维斯源码
templates 常用HPC应用的配置模板
test 贾维斯测试用例
workloads 常用HPC应用的算例合集
init.sh 贾维斯初始化文件
jarvis 贾维斯启动入口

支持安装的依赖列表

软件名 软件信息 类别
antlr 代码生成器,用于构建编译器和解释器 开发工具
cairo 2D图形库,支持多种输出设备和格式 图像处理
fftw 快速傅里叶变换库,支持多种算法和精度 数学库
go 编程语言,具有高效的垃圾回收和并发特性 开发工具
htslib 高通量测序数据处理库,支持多种常见格式的文件操作 数据库
kfft 快速傅里叶变换库鲲鹏版本 数学库
libxml2 轻量级、可移植的XML解析库 开发工具
nvhpc NVIDIA HPC SDK,包含CUDA和Fortran编译器 开发工具
osu 基准测试套件,用于衡量系统性能 性能评估
Porting HPC应用迁移工具,支持将应用迁移到鲲鹏 应用迁移
scotch 科学计算软件包,包括图划分、矩阵操作等模块 科学计算
vis5dplus 五维数据可视化软件,支持多种数据格式和渲染方式 可视化
arpack 稀疏矩阵特征值计算库 数学库
automake GNU Autotools工具集的一部分,用于生成Makefile 开发工具
cmake 用于管理C/C++软件构建和依赖关系的跨平台工具 开发工具
freetype TrueType字体渲染引擎 图像处理
g2clib 处理GRIB和GRIB2格式气象数据的库 数据库
grads 可视化气象数据的软件 可视化
grib_api 处理GRIB和BUFR格式气象数据的库 数据库
Hyper-tuner 高性能计算任务调优工具 性能优化
hypre 大规模稀疏线性系统求解器 数学库
kgcc 基于鲲鹏平台极致优化的GCC编译器 开发工具
kml 基于鲲鹏平台极致优化的数学库 数学库
mesa 开源3D图形库 图像处理
metis 图划分和重排列库 科学计算
oneapi Intel开发的工具包,支持各种体系结构的HPC应用 开发工具
openblas 线性代数库,实现BLAS接口 数学库
parmetis 划分大型稀疏图形的高性能库 科学计算
petsc 大规模科学计算软件包 科学计算
precice 进程耦合库,用于将不同物理学模型耦合起来 应用部署
proj 地理空间数据处理库 地理信息
singularity 容器化解决方案 应用部署
slepc 大规模特征值计算库 数学库
wxWidgets 跨平台窗口工具包 开发工具
yaml-cpp C++ YAML解析器和生成器 开发工具
bedtools 用于基因组特征分析的软件 数据库
ctffind 基于图像处理的电子显微镜聚焦软件 图像处理
gatk 基因组变异分析工具 序列分析
gsl GNU科学库,提供多种数学函数和数据结构 数学库
ImageMagick 处理图像的开源软件 图像处理
lapack 线性代数库,主要实现了BLAS接口 数学库
mfem 可扩展有限元方法库 数学库
opencoarrays 并行编程库 开发工具
picard 处理生物信息数据的Java库 序列分析
python3 Python编程语言的最新版本 开发工具
spglib 空间群处理库 科学计算
zlib 压缩库 工具库
bisheng 基于鲲鹏极致优化的毕晟编译器,基于LLVM体系 开发工具
blas 基本线性代数子程序 数学库
curl 数据传输工具 工具库
cuda NVIDIA的并行计算平台 并行编程
gcc GNU C和C++编译器 开发工具
gdal 用于地理空间数据转换和处理的开源库 地理信息
hdf4 HDF4数据文件格式处理库 科学计算
hdf5 HDF5数据文件格式处理库 科学计算
ioapi 常见大气化学模型输出和输入预处理库 数据库
IPM 描述HPC应用程序的性能测量的套件 性能优化
libint 提供高精度库令积分的C库 数学库
libjpeg JPEG图像压缩/解压缩库 图像处理
mpich 高性能消息传递接口库 并行编程
mumps 大规模稀疏线性系统求解器 数学库
opencv 开源计算机视觉和机器学习软件库 图像处理
openjpeg 用于压缩JPEG2000数据的开源库 图像处理
pio 访问并行IO的工具 数据库
pixman 图像处理和绘图库 图像处理
R 开源统计计算和绘图软件 开发工具
spooles 大规模稀疏线性代数Solver 数学库
szip 压缩库 工具库
boost 十多年来一直是C++开发人员不可或缺的库 开发工具
bowtie2 测序匹配工具 序列分析
darshan HPC应用程序性能分析工具,IO性能分析 性能优化
eigen3 C++模版实现的线性代数库 数学库
glibc GNU C语言库 工具库
git 分布式版本控制系统 开发工具
hdf-eos2 HDF-EOS2数据集处理库 科学计算
hdf-eos5 HDF-EOS5数据集处理库 科学计算
jasper 图像压缩/解压缩库 图像处理
jellyfish 海星组装工具 序列分析
libpng PNG图像格式处理库 图像处理
libvori 计算相邻格点之间夹角,适用于大尺寸网格 科学计算
ncl NCAR命令语言 开发工具
ncview 可视化海洋和气象数据 可视化
openlb 模拟流体现象的软件 科学计算
openmpi 高性能消息传递接口库 并行编程
pkg-config 安装GNU和Unix的编译器等工具所需的参数 工具库
plumed 对构象变化进行统计物理和化学分析的软件包 序列分析
samtools 处理NGS数据的磁盘和内存带索引文件的命令列表 数据库
salmon 快速准确地从RNA-seq读数估计转录本表达水平 数据库
tau HPC应用程序性能分析工具 性能优化
udunits 单位标准化的C程序中用于解释单位 开发工具
bwa 测序匹配工具 序列分析
elpa 提供多种实现和算法的Eigenvalue求解器 数学库
gmp 高精度计算库 数学库
hmpi 高性能消息传递接口库 并行编程
kahip 图划分库 图形计算
libxc C语言库,可用于从交换关联功能获得DFT近似 数学库
netcdf 处理气象和海洋科学等领域大型科学数据的C库 科学计算
optimized-routines BLAS,LAPACK和这些程序中相关库的优化版本 数学库
pnetcdf 访问并行I/O的工具库 数据库
scalapack 大规模稠密线性代数求解器 数学库
valgrind 内存调试和性能分析工具 开发工具

支持安装的HPC应用列表

应用名 应用信息 领域
abinit 第一个完全自主实现密度泛函理论的程序 科学计算
agcm 气象局自主研发的全球大气环流谱模式 大气科学
amber 分子动力学模拟软件 生命科学
bowtie2 测序匹配工具 序列分析
bwa 分析二代测序数据 序列分析
calculix 有限元分析代码 工程
duns 模拟大气化学反应 大气科学
elmer 多物理场模拟系统 数学库
grapes 气象预报应用 大气科学
gromacs 生物分子动力学软件 生命科学
imb Intel MPI Benchmarks 性能优化
ImageMagick 图像处理命令行工具 图像处理
ioapi I/O API支持emission和achimie模型 大气科学
mg-cfd 并行计算流体力学软件 科学计算
mfem 软件库,解决非线性问题和超大规模的并行问题 数学库
nco 并行化Unix / Linux命令行工具,可用于处理NetCDF文件 科学计算
nwchem 高性能计算量子化学模拟软件 化学
ncview 可视化海洋和气象数据 可视化
openfoam 开源的CFD软件 科学计算
openjpeg 图像格式处理库 图像处理
openlb 模拟流体现象的软件 科学计算
opencv 开源计算机视觉库 计算机视觉
pytorch Python语言驱动的深度学习框架 机器学习
qe 第一个基于密度泛函理论的自由软件 科学计算
qmcpack 基于Monte Carlo方法的量子物理仿真程序 物理学
samtools 处理NGS数据的磁盘和内存带索引文件的命令列表 数据库
scotch 图划分库 图形计算
siesta 第一性原理计算软件 物理学
SU2 开源大规模CFD程序 科学计算
trinity RNA-seq transcriptome拼装器 序列分析
udunits C程序中用于解释单位的库 开发工具
bcc-esm 全球气候系统模型 大气科学
bedtools 常见的基因组工具 生命科学
blast 序列匹配软件 序列分析
CMAQ 使用化学传输模型的空气质量建模工具 大气科学
CP2K 高精度物理和化学模拟 科学计算
CESM 全球气候模型 大气科学
ctffind 粒子旋转平均程序,用于酶成像等领域 生命科学
fvcom 具有海洋生态动力学和水质应用的三维浪涌模型 海洋科学
gatk 基因组变异检测框架 生命科学
grads 可视化大气-土壤系统模型 数据可视化
hpcg 并行HPC线性求解器性能基准 性能优化
hpl HPL CheckRecd性能基准 性能优化
htslib 用于高通量序列数据处理的C库 生命科学
jasper JPEG-2000图像压缩库 图像处理
lammps 大型分子动力学软件 生命科学
libjpeg 压缩和解压缩JPEG影象 图像处理
miniFE 有限元求解器 工程
mumps 并行稠密和稀疏直接线性求解器 数学库
namd 大规模分子动力学仿真软件 生命科学
ncl NCAR Command Language,用于气象和大气科学 大气科学
octave 数值计算软件包 数学库
octopus 有限成键密度泛函理论程序 科学计算
OpenCoarrays 使用Fortran COARRAYS的并行编程模式 并行编程
op2 一种快速GPU加速的稠密矩阵操作库 数学库
picard 工具套件,用于操纵大规模数据集 生命科学
petsc 并行线性代数工具 数学库
rmaps-now 短时预报应用 大气科学
relion 单粒子冷冻电镜图像处理软件 生命科学
roms 海洋环境建模工具 海洋科学
SPECFEM3D_GLOBE 全球弹性波地震模拟 地球物理
slepc 大型特征值问题求解器 数学库
stream 用于衡量计算机系统内存带宽的性能,为数据读写的不同操作提供独立的评估 性能优化
wannier90 转换Bloch波函数为Wannier函数的程序 物理学
wrf 天气预报和研究模型 大气科学
wxWidgets 用于创建跨平台GUI应用程序的开发工具 开发工具

使用说明

1.下载包解压之后初始化

source ./init.sh

2.修改data.config或者套用现有模板,各配置项说明如下所示:

配置项 说明 示例
[SERVER] 服务器节点列表,多节点时用于自动生成hostfile,每行一个节点 11.11.11.11
[DOWNLOAD] 每行一个软件的版本和下载链接,默认下载到downloads目录(可设置别名) cp2k/8.2 https://xxx cp2k.8.2.tar.gz
[DEPENDENCY] HPC应用依赖安装脚本 ./jarvis -install gcc/9.3.1 com
module use ./software/modulefiles
module load gcc9
[ENV] HPC应用编译运行环境配置 source env.sh
[APP] HPC应用信息,包括应用名、构建路径、二进制路径、算例路径 app_name = CP2K
build_dir = /home/cp2k-8.2/
binary_dir = /home/CP2K/cp2k-8.2/bin/
case_dir = /home/CP2K/cp2k-8.2/benchmarks/QS/
[BUILD] HPC应用构建脚本 make -j 128
[CLEAN] HPC应用编译清理脚本 make -j 128 clean
[RUN] HPC应用运行配置,包括前置命令、应用命令和节点个数 run = mpirun -np 2
binary = cp2k.psmp H2O-256.inp
nodes = 1
[JOB] HPC应用作业调度运行配置 多瑙作业调度脚本
[BATCH] HPC应用批量运行命令 #!/bin/bash
nvidia-smi -pm 1
nvidia-smi -ac 1215,1410
[LOOP] HPC循环优化工具 将循环代码自动生成可进行性能分析和精度对比的程序
[PERF] 性能工具额外参数 perf= -o
nsys=
ncu=--target-processes all --launch-skip 71434 --launch-count 1

3.贾维斯命令大全

功能 命令 示例/说明
一键下载HPC应用 ./jarvis -d 应用将自动下载[DOWNLOAD]中地址到downloads目录
安装依赖 ./jarvis -install [package/][name/version/other] [option] ./jarvis -install bisheng/2.1.0 com
一键卸载依赖 ./jarvis -remove xxx 支持模糊查询 ./jarvis -remove openblas/0.3.18
一键下载并安装所有依赖 ./jarvis -dp 读取配置文件中的[DEPENDENCY]字段内容并按顺序执行
输出已安装的软件清单 ./jarvis -l 输出清单以相对路径列出
查询已安装的软件 ./jarvis -f xxx 查询openblas安装路径 ./jarvis -f openblas
一键生成环境变量 ./jarvis -e 读取配置文件中的[ENV]字段内容并生成env.sh脚本执行,执行-b/-r会自动生成
一键编译 ./jarvis -b 自动进入[APP]字段中的build_dir目录,读取配置文件中的[BUILD]字段内容并生成build.sh脚本执行
一键运行 ./jarvis -r 自动进入[APP]字段中的case_dir目录,读取配置文件中的[RUN]字段内容并生成run.sh脚本执行
一键CPU性能采集 ./jarvis -p 读取配置文件中的[PERF]字段内容的perf选项
一键GPU性能采集 ./jarvis -gp 需安装CUDA驱动
一键输出服务器信息 ./jarvis -i 输出CPU、网卡、OS、内存等信息
一键服务器性能评测 ./jarvis -bench all
./jarvis -bench mpi
./jarvis -bench omp
./jarvis -bench gemm
包括MPI、OMP、P2P等评测
切换配置 ./jarvis -use XXX.config 优先读取环境变量中的JARVIS_CONFIG,否则读取XXX.config,配置文件路径会保存到.meta文件中
根据当前配置生成Singularity容器定义文件 ./jarvis -container docker-hub-address ./jarvis -container openeuler:openeuler
更新依赖库的路径 ./jarvis -u 如果移动了贾维斯的路径,将自动更新software/modulefiles的路径
生成Fortran循环优化代码 ./jarvis -loop
帮助信息 ./jarvis -h

安装依赖的option支持列表如下所示

选项值 解释 安装目录
gcc 使用当前gcc进行编译 software/libs/gcc
gcc+mpi 使用当前gcc+当前mpi进行编译 software/libs/gcc/mpi
clang 使用当前clang进行编译 software/libs/clang
clang+mpi 使用当前clang+当前mpi进行编译 software/libs/clang/mpi
bisheng 使用毕晟进行编译 software/libs/bisheng
bisheng+mpi 使用毕晟+当前mpi进行编译 software/libs/bisheng/mpi
nvc 使用当前nvc进行编译 software/libs/nvc
nvc+mpi 使用当前nvc+当前mpi进行编译 software/libs/nvc/mpi
icc 使用当前icc进行编译 software/libs/icc
icc+mpi 使用当前icc+当前mpi进行编译 software/libs/icc/mpi
com 安装编译器 software/compiler
any 安装工具软件 software/utils

路标

RoadMap

欢迎贡献

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小的改进或修复总是值得赞赏的;先从文档开始可能是一个很好的起点。如果您正在考虑做出更大贡献,请提交一个issue或者在hpc.openeuler.org进行讨论。

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You can use this software according to the terms and conditions of the Mulan PSL v2. You may obtain a copy of Mulan PSL v2 at: http://license.coscl.org.cn/MulanPSL2 THIS SOFTWARE IS PROVIDED ON AN "AS IS" BASIS, WITHOUT WARRANTIES OF ANY KIND, EITHER EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO NON-INFRINGEMENT, MERCHANTABILITY OR FIT FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Mulan PSL v2 for more details. Mulan Permissive Software License,Version 2 Mulan Permissive Software License,Version 2 (Mulan PSL v2) January 2020 http://license.coscl.org.cn/MulanPSL2 Your reproduction, use, modification and distribution of the Software shall be subject to Mulan PSL v2 (this License) with the following terms and conditions: 0. Definition Software means the program and related documents which are licensed under this License and comprise all Contribution(s). Contribution means the copyrightable work licensed by a particular Contributor under this License. Contributor means the Individual or Legal Entity who licenses its copyrightable work under this License. Legal Entity means the entity making a Contribution and all its Affiliates. Affiliates means entities that control, are controlled by, or are under common control with the acting entity under this License, ‘control’ means direct or indirect ownership of at least fifty percent (50%) of the voting power, capital or other securities of controlled or commonly controlled entity. 1. Grant of Copyright License Subject to the terms and conditions of this License, each Contributor hereby grants to you a perpetual, worldwide, royalty-free, non-exclusive, irrevocable copyright license to reproduce, use, modify, or distribute its Contribution, with modification or not. 2. Grant of Patent License Subject to the terms and conditions of this License, each Contributor hereby grants to you a perpetual, worldwide, royalty-free, non-exclusive, irrevocable (except for revocation under this Section) patent license to make, have made, use, offer for sale, sell, import or otherwise transfer its Contribution, where such patent license is only limited to the patent claims owned or controlled by such Contributor now or in future which will be necessarily infringed by its Contribution alone, or by combination of the Contribution with the Software to which the Contribution was contributed. The patent license shall not apply to any modification of the Contribution, and any other combination which includes the Contribution. If you or your Affiliates directly or indirectly institute patent litigation (including a cross claim or counterclaim in a litigation) or other patent enforcement activities against any individual or entity by alleging that the Software or any Contribution in it infringes patents, then any patent license granted to you under this License for the Software shall terminate as of the date such litigation or activity is filed or taken. 3. No Trademark License No trademark license is granted to use the trade names, trademarks, service marks, or product names of Contributor, except as required to fulfill notice requirements in Section 4. 4. Distribution Restriction You may distribute the Software in any medium with or without modification, whether in source or executable forms, provided that you provide recipients with a copy of this License and retain copyright, patent, trademark and disclaimer statements in the Software. 5. Disclaimer of Warranty and Limitation of Liability THE SOFTWARE AND CONTRIBUTION IN IT ARE PROVIDED WITHOUT WARRANTIES OF ANY KIND, EITHER EXPRESS OR IMPLIED. IN NO EVENT SHALL ANY CONTRIBUTOR OR COPYRIGHT HOLDER BE LIABLE TO YOU FOR ANY DAMAGES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO ANY DIRECT, OR INDIRECT, SPECIAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING FROM YOUR USE OR INABILITY TO USE THE SOFTWARE OR THE CONTRIBUTION IN IT, NO MATTER HOW IT’S CAUSED OR BASED ON WHICH LEGAL THEORY, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES. 6. Language THIS LICENSE IS WRITTEN IN BOTH CHINESE AND ENGLISH, AND THE CHINESE VERSION AND ENGLISH VERSION SHALL HAVE THE SAME LEGAL EFFECT. IN THE CASE OF DIVERGENCE BETWEEN THE CHINESE AND ENGLISH VERSIONS, THE CHINESE VERSION SHALL PREVAIL. END OF THE TERMS AND CONDITIONS How to Apply the Mulan Permissive Software License,Version 2 (Mulan PSL v2) to Your Software To apply the Mulan PSL v2 to your work, for easy identification by recipients, you are suggested to complete following three steps: i Fill in the blanks in following statement, including insert your software name, the year of the first publication of your software, and your name identified as the copyright owner; ii Create a file named “LICENSE” which contains the whole context of this License in the first directory of your software package; iii Attach the statement to the appropriate annotated syntax at the beginning of each source file. Copyright (c) [Year] [name of copyright holder] [Software Name] is licensed under Mulan PSL v2. You can use this software according to the terms and conditions of the Mulan PSL v2. 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